Особо благоговели зыряне перед так называемой прокудливой берёзой. Громадная по толщине и вышине берёза росла на возвышенном месте. Зыряне собирались к ней и приносили в жертву добытых зверей. Святой Стефан поставил свою келлию невдалеке от берёзы и использовал собрания суеверных язычников у дерева, чтобы учить их святой истине. Затем святой Стефан срубил и сжёг берёзу для искоренения суеверия. Зыряне собирались убить его. Святой обратился к ним с проповедью: "Судите сами, сильны ли боги ваши, когда они не могут защитить себя от огня? Боги ли они, когда так немощны, да и не имеют не только смысла, но и слуха и зрения? И от меня, слабого, не сумело защитить себя ваше божество. Не таковы же ли и все другие боги ваши? Не таков Бог Христианский. Он видит всё, всё знает и Всемогущ, ибо создал весь мир и о всём промышляет. И как Он благ, особенно к знающим Его! Я желаю вам добра, проповедуя вам Истинного Бога. Он будет любить вас, будет благотворить вам, когда станете чтить Его искренне". На месте "прокудливой берёзы" святой Стефан построил храм в честь Архангела Михаила, низложителя духов тьмы.

Святитель Стефан горячо любил Радонежского подвижника и очень желал повидаться с ним на пути из Пермской земли, но не мог исполнить этого из-за недостатка времени. Находясь в 10 верстах от монастыря Преподобного Сергия, святитель Стефан, помолившись, обратился в сторону обители и с поклоном произнёс: "Мир тебе, духовный брате!" Преподобный Сергий, который сидел вместе с братией за трапезой, встал, помолился и, поклонившись в ту сторону, где проезжал святитель, ответил: "Радуйся и ты, пастырю стада Христова, и мир Божий да пребывает с тобой!"

Правитель Георгий привёл к нему свою больную дочь и в благодарность за её исцеление построил Девиченский монастырь. Преподобный Иоанникий почил в старости, и мощи его являются до наших дней источником многих чудес и исцелений.